中共玉溪市委办公室设常委办公室、综合一科、综合二科、综合三科、秘书科、督查考评科、决策督查科、专项查办科、表彰奖励科、信息综合室、办文科、法规科、文稿科、档案科、总值班室、人事老干科、行政财务科、保卫科等21个内设机构和机关党委。内设机构具体职能职责略。