中共玉溪市委办公室是中共玉溪市委的工作机关，为正处级，统一管理中共玉溪市委机要和保密局，对外加挂玉溪市档案局牌子。中共玉溪市委办公室在对外开展工作时可以使用中共玉溪市委督查室的名义和印章。中共玉溪市委办公室设21个内设机构和机关党委，下属玉溪市档案馆、玉溪市专用通信局、玉溪市关心下一代工作委员会办公室、玉溪市目标绩效考核评价中心4个事业单位。目前，中共玉溪市委办公室共有基层党组织8个（其中：机关党委1个、党支部7个），中共党员106名（其中：女党员38名、占35.85%，少数民族党员25名、占23.58%）。