根据《中共玉溪市委市直机关工作委员会职能配置、内设机构和人员编制规定》，市委市直机关工委设4个内设机构：

（一）办公室。负责市委市直机关工委日常运转、综合协调和督办工作，承担日常值班、文电处理、会议组织、信息综合、文件审核、国家安全、机要保密、文书档案、行政事务管理、信访、平安玉溪建设等工作。承担市委市直机关工委财务、国有资产管理等工作。负责市委市直机关工委机关党的建设、党风廉政建设、干部人事、离退休人员、机构编制、外事等工作。

（二）组织部。负责指导市直机关基层组织建设，提出和拟订加强改进工作的意见、制度。对党政机关、人民团体、事业单位等各类基层党组织分类指导，落实“三会一课”等党内生活制度，提升组织力。负责督促指导市直机关党组织按期换届，承担关于召开党员大会或党员代表大会请示的报批工作，机关党委和机关纪委以及直属机关党总支、党支部领导班子组成及书记、副书记任免的报批工作。承担参与本级各单位党组（党委）民主生活会督促指导有关工作。承担有关党的代表大会和党代表会议代表的推选和报批工作。负责市直机关基层党组织书记、党务干部和党员培训轮训。研究、指导党员发展、教育和管理工作，做好流动党员管理、党费管理、接转组织关系工作。负责组织开展市直机关部门党组（党委）书记和不设党组（党委）的机关党组织书记述职评议考核，指导市直机关开展机关党组织书记抓基层党建述职评议考核工作。

（三）宣传部。负责指导市直机关党的宣传思想工作，指导各级党组织和党员干部学习党的理论和路线方针政策。负责市直机关各部门党组（党委）理论学习中心组学习列席指导工作。了解掌握、分析研判市直机关工作人员思想动态。指导市直机关各级党组织加强思想政治工作和精神文明建设。负责群众评议机关作风工作。负责市委市直机关工委新闻宣传以及宣传平台的管理工作。承担市委市直机关工委法治建设、统一战线以及文明城市创建、民族团结进步创建工作。

（四）调研指导部。负责市直机关党建情况的调查研究，指导市直机关各部门党建工作，起草工作规划，提出和拟订加强改进工作的措施、意见、制度。起草市委市直机关工委有关文稿。规划、起草、审核机关党建制度。负责机关党建理论课题研究工作。负责对市直机关各部门调研报备工作进行统筹、管理和监督。统筹协调市直机关党建督查工作，承担对市直机关各部门党组（党委）和各级党组织落实机关党建重点工作、重要制度情况的督查工作。承担市委市直机关工委全面深化改革、整治形式主义为基层减负工作。